両方似たようなものを作ってしまって…。一度MSの井上大輔さんもしくは松崎さんと井上章さんでディベートとかどうよ?とか思うのですが(^^;。
いくつか比較。環境はいずれもVisual Studio 2012 RCです。

アセンブリ編

まずは参照されるアセンブリ。ASP.NET Web Formプロジェクトに作ったWCF Data Service。
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ASP.NET Web API(MVC4プロジェクトに作ったもの)。
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数だけは変わらないように見えますが、実際空のASP.NETプロジェクト作ればScriptManager関係とかもっと減るでしょう。

動作環境編

ASP.NET WebAPIはMVC4に付属でしたっけ。まだ正式版ではないですが、対してWCF Data Serviceは現在5.0.1が正式版でNuGetなどでVisual Studio 2010環境からでも取得できるので今すぐ使えます。MVC4に依存するWeb APIはその点ちょっと不利?

性能

さて、どうなんでしょう?MSから出てくるとも思えませんが、WCFは少し重いような印象がありますが…?

その他

WCF Data ServiceはURLがちょっといけてない(^^;。